2.1 Basic Concepts in Sequence Alignment

2.1 序列比对中的基本概念

引言

• 正确使用计算机工具的作用
• 避免风险
• BDMA
  

2.1.1 序列比对的作用和重要性

• 序列比对的重要性
  

• 序列比对的目的——生物角度
  根据序列之间的功能或演化关系来检测生物之间的相似性
  

• 序列比对工具网站——Pairwise Sequnence Alignment
  

  • Step 1 输入蛋白质序列
    

  • Step 2 设置参数
    

  • Step 3 提交任务
    

  • Step 4 分析结果
    

    • 比较两个残基之间的相似程度
      
      💡 ‘｜’ ：相同

      **‘:’：比较相似 **
      **‘.’：一点都不相似 **
      </aside>

    衡量标准：替换矩阵
    

    特点：

    1. **Symmetry **

       • 得分结果是对称的，跟方向无关
       • S ➡️ T 跟 T ➡️ S 的得分是一样的

    2. Context-insensitive

       • 得分结果与上下文无关
       • 各个残基之间是独立的
       • 只与两个残基之间的关系有关

    3. 空位 序列片段插入与删除 对应着罚分
       

       第二个空位 GA ➡️ - - 1个open gap 10’ + 1个extend gap 0.5‘ = 10.5’
       **第四个空位 - - - - - ➡️ TPDAV 1个open gap 10’ + 4个extend gap (5-1)*0.5‘ = 12’ **