2.3 From Global To Local

2.3 从全局比对到局部比对 From Global To Local

• 为什么要局部比对？

  全局比对——对序列的全部残基进行比对

  早期在蛋白质序列比对中有广泛的应用

  后面发现造成的问题：

  1. 发现功能相关的蛋白质之间，虽然可能在整体序列上相差甚远，却常常会有相同的功能域，这些序列片段能够独立发挥特定的生物学功能，但却在不同蛋白质之间相当保守，仅靠全局比对算法显然是无法发现这些片段的

     

  2. 70年代内含子的发现，使得在做核酸水平的序列比对时必须要能正确处理内含子导致的大片段的差异

     

  80年代初，开始认识到要有方法去认识到局部相似的序列，换句话说，我们要做local alignment 局部比对

• 局部比对算法

  • 局部比对和全局比对的区别

    

  • 每步迭代的时候给分数加入了一个下限

    

    负数都变成了0

    大的值之间的竞争