2.5 Genome Database

2.5 基因组数据库

2.5.1 人基因组数据库：Ensemble

• Ensemble

  
  • 查看染色体
  
  • DUT基因在15号染色体上
  
  • 选择染色体概要，得到一览图，包括编码蛋白的基因、非编码基因、假基因，分别在染色体上不同区段内的含量，以及里面的红线为GC百分比，黑线为卫星DNA百分比
  

  • DUT基因位于15号染色体条带21.1附近

    

  • 这是以DUT基因为中心显示的放大图谱，点击DUT基因对应的区域，并在弹出的概况窗口中选择Ensemble数据库的检索号

    

  • DUT基因在Ensemble数据库中的详细记录

2.5.2 微生物宏基因组数据库：JCVI

• 美国国立卫生研究所 (NIH) 建立了人类微生物组学计划 (Human Microbiome Project，HMP)

  目前 HMP 主要包括了人类鼻腔、口腔、皮肤、胃肠道和泌尿生殖道的宏基因组样本数据和分析流程

  

• HMP

  
  • 这是所有HMP中微生物的基因组，这些微生物在人体中存在的位置，测序及注释是已完成还是在分析中
  
  • WGS：全基因组鸟枪法测序项目数据库记录
  
  • SRA：高通量测序数据库
  
  • Annotation：在Genbank中所有注释的链接
  

• Human Microbiome Project Data Portal