2.8 Primary Protein Structure Database PDB

2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB

• 蛋白质的结构可分为四级：

  • 一级结构 Primary structure: 氨基酸序列
  • 二级结构 Secondary structure：周期性的结构构象，α 螺旋，β折叠等
  • 三级结构 Tertiary structure：整条多肽链的三维空间结构，3D 结构
  • 四级结构 Quaternary structure：几个蛋白质分子（亚基）形成的复合体，如四聚体
  

• 蛋白质结构数据库 (Protein Data Bank, PDB) 是全世界唯一存储生物大分子 3D 结构的数据库。这些生物大分子除了蛋白质以外还包括核酸及两者的复合物。只有通过实验方法获得的 3D 结构才会被收入其中。目前 PDB 数据库每周更新一次，至今，PDB 收录的结构数据已超过十二万条，其中 90%以上为蛋白质结构

  

  • 把作者的名字和蛋白质的名字一起搜索

    

  • **PDB ID：**数据库检索号，一个结构对应一个 PBD ID，而不是一个蛋白质对应一个 PBD ID，因为可以有很多结构

    

  • PDB 文件注释解读：一级蛋白质结构数据库：PDB-02 P21

    • 基本信息部分

      

      • HEADER

        

      • TITLE

        

      • COMPND

        

      • SOURCE

        

      • KEYWDS

        

      • EXPDTA

        

      • AUTHOR

        

      • REVDAT

        

      • JRNL

        

      • REMARK

        

    • 一级结构信息部分

      

      • DBREF

        

      • SEQRES

        

      • MODRES

        

    • 非标准残基部分

      

    • 二级结构部分

      

      • LINK

        

    • 实验参数部分

      

    • 3D坐标部分

      

    • CONECT

      

    • 档案管理部分

• PDB 文件 3D 展示 JSmal：一级蛋白质结构数据库：PDB-03 P22