2.9 Secondary Protein Database

2.9 二级蛋白质数据库：Pfam、CATH、SCOP2

1. Pfam数据库 是一个蛋白质结构域家族的集合

   
   • 搜索
   
   • 输入蛋白质序列
   
   • 找到四个结构域
   

   • 查看TIR

     • Summary：获得这个结构域的功能信息及功能注释及结构信息

       

     • Domain organisation：目前有多少蛋白质拥有TIR结构域以及TIR结构域和其他结构域的组合搭配关系

       

     • Structures：列出目前所有包含TIR结构域的蛋白质结构，以及他们在序列数据库Uniprot和结构数据库PDB中的链接

       

2. CATH 数据库：结构分类数据库

   • Gene3D 里的信息为绝大多数还未解析 3D 结构的蛋白质提供了重要的功能研究依据
   

   • CATH给每一层的每一种结构分类命名，因此每个结构域会有像黄色那样的分类代码

     第一个数字：C 第二个数字：A 第三个数字：T 第四个数字：H

   

   • CATH-Gene3D 还为超过 500 万条来自公共数据库的蛋白质序列进行了结构分类预测

     • 输入

       

     • 结构分类代码是2.70.40.10

       

     • 可以获得各个层次具体的结构分类信息以及各种结构相关分析信息

       

       把所有拥有2.70.40.10.10结构分类的结构域根据序列相似度进行了一下聚类，不同深浅的圈代表不同的相似度

       三个黄圆代表3H6X这个结构涉及的三个结构域，因为这个结构有三条量，三条量在序列水平上是完全相同的

       

     从这个分类里挑出了19个有代表性的结构域，并且把他们的3D结构叠加在了一起，图上可以看到这个分类的总体特征以及差异产生的位置

   

3. SCOP2 数据库：结构分类数据库。更多考虑蛋白质的进化关系，分类依赖于人工验证

   SCOP2 分类基于四个层次：从顶部到底部分别为类 (Class)、家族 (Family)、超家族 (Super family) 和折叠 (Fold)

   

   分类层次